Amnesia: The Bunker は第一次世界大戦末期を舞台にした物語で、フランス兵の Henri Clément が壊滅的な攻撃の後、地下の軍事バンカーに閉じ込められた状態で目を覚ますところから始まります。外界から完全に隔絶され、闇に包まれた環境の中で、Henri は物資を探し、行方不明となった兵士たちの運命を解き明かしながら脱出方法を見つけなければなりません。迷路のような通路を進むうちに、物音や動きに反応する恐ろしい怪物が影の中から彼を追い続けていることを知ります。限られた資源と減り続ける光の中で、あらゆる選択が生死を左右します。やがて Henri はバンカーに隠された秘密の奥深くへと踏み込み、戦争の残酷さと地下に潜むさらに邪悪な存在を結びつける恐るべき真実に直面することになります。