События Amnesia: The Bunker разворачиваются в последние месяцы Первой мировой войны. Французский солдат Henri Clément приходит в себя после разрушительной атаки и обнаруживает, что оказался заперт в заброшенном подземном военном бункере. Отрезанный от внешнего мира и окружённый непроглядной тьмой, Henri должен искать припасы, выяснить судьбу пропавших обитателей бункера и найти путь к спасению. Исследуя запутанные коридоры, он понимает, что в тенях скрывается ужасное существо, реагирующее на шум и движение. При ограниченных ресурсах и постоянно иссякающем источнике света каждое решение становится вопросом выживания. Чем глубже Henri погружается в тайны бункера, тем ближе он подбирается к жуткой загадке, стирающей грань между жестокостью войны и чем-то гораздо более зловещим, скрывающимся под землёй.