『Tom Clancy’s Splinter Cell (2003)』では、プレイヤーは NSA（国家安全保障局）の極秘部門である Third Echelon に初の「Splinter Cell」としてスカウトされた、 black-ops（暗バグ作戦）のベテラン工作員 Sam Fisher と出会います。旧ソビエト連邦のジョージア共和国で2人の CIA 職員が謎の失踪を遂げたことから、物語は Sam Fisher を一気に緊迫した地政学的スリラーへと引き込みます。 Sam Fisher が調査を進めるにつれ、ジョージアの反逆的大統領 Kombayn Nikoladze が仕組んだ恐るべき陰謀が明らかになります。彼は高度なサイバー戦と国家主導のテロリズムを利用して、アメリカとの壊滅的な紛争を引き起こそうとしていました。「Fifth Freedom」という致命的な権限のもと、完全に影に潜んで行動する Sam Fisher は、厳重な警備環境を潜り抜け、重要な機密情報を収集し、破滅的な情報戦によって世界が混沌に陥る前に主要な脅威を排除しなければなりません。