Outlast 2 की कहानी खोजी पत्रकार Blake Langermann और उनकी पत्नी Lynn के इर्द-गिर्द घूमती है, जो एक गर्भवती महिला की रहस्यमय मृत्यु की जांच के लिए एरिज़ोना के रेगिस्तान में जाते हैं। एक रहस्यमय हेलीकॉप्टर दुर्घटना के बाद Blake का Lynn से संपर्क टूट जाता है और वह Temple Gate नामक एक अलग-थलग गाँव में फँस जाता है, जहाँ कट्टर उपदेशक Sullivan Knoth का शासन है। अपनी पत्नी की तलाश करते हुए, उसे हिंसक पंथ के अनुयायियों से बचना पड़ता है और साथ ही भयावह मतिभ्रम का सामना करना पड़ता है, जो वास्तविकता और अतीत की यादों के बीच की सीमा मिटा देते हैं। बचपन के आघात उसे लगातार परेशान करते हैं, जबकि वह पंथ की मान्यताओं और क्षेत्र में घट रही रहस्यमयी घटनाओं के भयावह रहस्यों का पता लगाता है। केवल अपने कैमकॉर्डर और साहस के सहारे, Blake इस भयानक दुःस्वप्न में जीवित रहने की कोशिश करता है, जहाँ हर नई सच्चाई पहले से भी अधिक डरावनी साबित होती है और अंत एक गहरे झकझोर देने वाले निष्कर्ष तक पहुँचता है।