Guilty Gear Xrd -SIGN- की कहानी ऐसी दुनिया में घटित होती है जो Gears और शक्तिशाली गुटों की महत्वाकांक्षाओं से पैदा हुए लंबे संघर्षों से उबरने की कोशिश कर रही है। जैसे-जैसे तनाव बढ़ता है, Sol Badguy, Ky Kiske और उनके साथी Ramlethal Valentine के रहस्यमय आगमन से जुड़ी घटनाओं की जांच शुरू करते हैं, जो मानवता के विरुद्ध युद्ध की घोषणा करती है। उसका आगमन प्राचीन तकनीक, गुप्त संगठनों और लंबे समय से छिपे रहस्यों से जुड़ी एक गहरी साज़िश का पर्दाफाश करता है, जो नाज़ुक शांति को खतरे में डाल देती है। इस यात्रा के दौरान पुराने प्रतिद्वंद्वी साथ लड़ने पर मजबूर होते हैं और नए गठबंधन ऐसे दुश्मन के विरुद्ध बनते हैं जिसकी वास्तविक मंशा अभी भी रहस्य बनी हुई है। अपनी शानदार एनीमे-शैली की प्रस्तुति और रोमांचक लड़ाइयों के साथ, यह खेल पहचान, मुक्ति और अतीत के परिणामों जैसे विषयों को प्रस्तुत करता है तथा Guilty Gear Xrd की आगे की कहानी की नींव रखता है।