Halo 5: Guardians の後、壊滅的な敗北を喫した人類を背に、Master Chief は宇宙空間を漂流した末に目を覚まします。彼は一人のパイロットに救助され、Escharum が率いる Banished に支配された Zeta Halo へ戻ります。リングを探索する中で、行方不明となった仲間たちの運命を知り、謎に包まれた Endless に関わる新たな脅威と対峙します。新しいAIパートナー The Weapon と協力しながら、古代 Forerunner の遺産に秘められた真実を解き明かし、自らの過去とも向き合います。圧倒的な困難の中でも Master Chief はUNSCの生存者たちに希望を与え、人類の反撃を導いていきます。壮大な戦いと感動的な人間ドラマが融合した、勇気と犠牲を描く物語です。