Après les événements de Halo 5: Guardians, Master Chief se réveille perdu dans l'espace après une défaite dévastatrice de l'humanité. Secouru par un pilote solitaire, il retourne sur l'anneau endommagé connu sous le nom de Zeta Halo, désormais contrôlé par les Banished dirigés par Escharum. En explorant l'installation, il découvre le sort de ses alliés disparus et fait face à une nouvelle menace liée aux mystérieux Endless. Aux côtés d'une nouvelle intelligence artificielle appelée The Weapon, il dévoile les secrets enfouis du monde antique des Forerunner tout en affrontant les fantômes de son passé. Malgré des obstacles immenses, Master Chief redonne espoir aux survivants de l'UNSC et relance le combat de l'humanité pour sa survie. L'histoire mêle émotion, guerre à grande échelle et héroïsme dans une aventure marquée par le courage et le sacrifice.