Hollow Knight: Silksongは、Hallownestの王女であり守護者でもあるHornetが囚われの身となり、謎に包まれた王国Pharloomへ連れ去られるところから始まります。古代遺跡、不気味な森、輝く都市、危険な機械が広がる広大な世界を登り進む中で、Hornetは強大な敵と戦いながら、この王国に隠された奇妙な儀式や広がり続ける腐敗の真実を解き明かしていきます。旅の途中では、忘れがたい仲間や謎めいたライバルたちと出会い、数々の困難な依頼をこなしながら、新たなアクロバティックな技と糸を駆使した戦闘術を習得します。やがてPharloomの運命が明らかになるにつれ、Hornetは強力な守護者たちに立ち向かい、王国全体を脅かす謎を解き明かすため、危険と発見、そして希望に満ちた壮大な冒険へと挑んでいきます。