Hollow Knight: Silksong की कहानी Hornet के इर्द-गिर्द घूमती है, जो Hallownest की साहसी राजकुमारी और संरक्षक है। उसके पकड़े जाने के बाद उसे रहस्यमय राज्य Pharloom ले जाया जाता है, जहाँ उसे प्राचीन खंडहरों, भुतही जंगलों, चमकते नगरों और घातक मशीनों से भरी विशाल दुनिया में ऊपर की ओर यात्रा करनी पड़ती है। इस सफर में Hornet शक्तिशाली शत्रुओं का सामना करती है और राज्य की रहस्यमयी रस्मों तथा फैलते हुए भ्रष्टाचार के पीछे छिपे रहस्यों को उजागर करती है। रास्ते में वह यादगार साथियों और रहस्यमय प्रतिद्वंद्वियों से मिलती है, कठिन अभियानों को पूरा करती है और रेशम-आधारित युद्ध कौशल तथा नई कलाबाज़ी क्षमताओं में निपुण बनती है। जैसे-जैसे Pharloom के भाग्य का सच सामने आता है, Hornet को भयंकर रक्षकों का सामना करते हुए पूरे राज्य को खतरे में डालने वाले रहस्य को सुलझाना होता है, जिससे उसकी यात्रा रोमांच, खोज और आशा से भरपूर बन जाती है।