Batman: Arkham Origins は、Gotham Cityで犯罪と戦い始めたばかりの若きBatmanの物語を描いています。雪が降るクリスマス・イブの夜、冷酷な犯罪王Black MaskはBatmanの首に高額な懸賞金をかけ、世界でも有数の危険な暗殺者たちを彼のもとへ引き寄せます。彼らとの激しい戦いの中で、Batmanは街全体を脅かす巨大な陰謀を発見し、自身の能力や決意、そして正義への信念を試されることになります。その過程で、彼は未来を大きく左右する重要な人物たちと出会い、仲間や敵、さらには後に最大の宿敵となる犯罪の天才とも対峙します。本作は、Batmanが恐れられる自警団員から伝説のDark Knightへと成長していく姿を、謎や裏切り、激しい対決に満ちたストーリーで描いています。