Batman: Arkham Origins एक युवा Batman की कहानी बताता है, जो Gotham City में अपराध से लड़ने के अपने शुरुआती वर्षों में है। बर्फीली क्रिसमस की पूर्व संध्या पर, निर्दयी अपराध सरगना Black Mask, Batman के सिर पर एक भारी इनाम घोषित करता है, जिससे दुनिया के सबसे खतरनाक हत्यारे उसका शिकार करने निकल पड़ते हैं। इन घातक दुश्मनों का सामना करते हुए, Batman एक गहरी साजिश का पता लगाता है जो पूरे शहर को खतरे में डालती है और उसकी क्षमताओं, दृढ़ संकल्प तथा न्याय की भावना की परीक्षा लेती है। इस यात्रा के दौरान वह कई महत्वपूर्ण पात्रों से मिलता है जो उसके भविष्य को आकार देंगे, जिनमें सहयोगी, दुश्मन और वह आपराधिक मास्टरमाइंड शामिल है जो आगे चलकर उसका सबसे बड़ा शत्रु बनेगा। यह कहानी Batman के एक भयभीत सतर्क रक्षक से महान Dark Knight बनने तक के सफर को दर्शाती है, जिसमें रहस्य, विश्वासघात और रोमांचक टकराव भरपूर हैं।