Halo 2 (2007) की कहानी मानवता की Covenant पर पहली बड़ी जीत के बाद शुरू होती है, जहाँ महान सुपर-सोल्जर Master Chief Petty Officer John-117 पृथ्वी पर हुए विनाशकारी एलियन हमले का सामना करते हैं। इसी दौरान खिलाड़ी Arbiter के दृष्टिकोण से भी घटनाओं का अनुभव करता है, जो Covenant का एक अपमानित Elite योद्धा है और खतरनाक मिशनों के माध्यम से अपना सम्मान वापस पाना चाहता है। जैसे-जैसे दोनों नायक रहस्यमयी Halo संरचनाओं के प्राचीन रहस्यों का पता लगाते हैं, वे Covenant के भीतर भड़क रहे गृहयुद्ध में उलझ जाते हैं। छिपी हुई शक्तियाँ दोनों पक्षों को नियंत्रित कर रही हैं, जिससे Forerunners और भयावह परजीवी Flood से जुड़ा कहीं बड़ा खतरा सामने आता है। पृथ्वी, दूरस्थ एलियन दुनियाओं और विशाल रिंगवर्ल्ड्स पर फैली महाकाव्य लड़ाइयों के बीच यह कहानी निष्ठा, विश्वासघात, आस्था और अस्तित्व जैसे विषयों को प्रस्तुत करती है तथा Halo 3 की घटनाओं की नींव रखती है।