Se déroulant après la première grande victoire de l'humanité contre le Covenant, Halo 2 (2007) suit le légendaire super-soldat Master Chief Petty Officer John-117 alors que la Terre subit une attaque dévastatrice. En parallèle, le joueur découvre le conflit du point de vue de Arbiter, un Elite du Covenant déchu cherchant à retrouver son honneur au cours de missions périlleuses. Alors que les deux héros dévoilent les anciens secrets entourant les mystérieuses installations Halo, ils se retrouvent au cœur d'une guerre civile qui menace le Covenant de l'intérieur. Des forces cachées manipulent les deux camps, révélant un danger bien plus grand lié aux antiques Forerunners et au parasite Flood. À travers des batailles épiques sur Terre, dans des mondes extraterrestres et sur d'immenses anneaux, l'histoire explore la loyauté, la trahison, la foi et la survie, tout en préparant les événements de Halo 3.