События Half-Life: Alyx разворачиваются между оригинальной Half-Life и Half-Life 2 и рассказывают историю Alyx Vance, которая сражается против жестокой оккупации Земли силами Combine. Вместе со своим отцом Eli Vance и другими участниками сопротивления Alyx отправляется на опасное задание, чтобы раскрыть тайну загадочного супероружия Combine, скрытого внутри огромного парящего хранилища. Путешествуя по заброшенным улицам, подземным комплексам и враждебным территориям, она сталкивается со смертоносными инопланетными существами и могущественными войсками Combine. История сочетает напряжённый экшен, запоминающихся персонажей и неожиданные сюжетные повороты, расширяя вселенную Half-Life и подготавливая почву для событий Half-Life 2.