Сюжет METAL GEAR SOLID 2: Sons of Liberty рассказывает о молодом оперативнике Raiden, который получает задание проникнуть на огромный морской комплекс Big Shell, захваченный террористами, угрожающими вызвать масштабную экологическую катастрофу. По мере выполнения миссии Raiden понимает, что происходящее является лишь частью грандиозного заговора, связанного с тайными организациями, политическими манипуляциями и передовыми технологиями Metal Gear. Несмотря на помощь знакомых союзников, он оказывается окружён обманом и вынужден постоянно искать грань между правдой и искусно созданной ложью. Связь с легендарным солдатом Solid Snake и загадочной организацией Patriots раскрывает события, ставящие под сомнение свободу, личность и саму природу информации. Сочетая скрытное прохождение с глубокими философскими темами, история впечатляет неожиданными поворотами и размышлениями о власти в цифровую эпоху.