METAL GEAR SOLID 2: Sons of Liberty की कहानी नए एजेंट Raiden का अनुसरण करती है, जिसे Big Shell नामक एक विशाल समुद्री सुविधा में घुसपैठ करने का मिशन दिया जाता है, जहाँ आतंकवादियों ने कब्ज़ा कर लिया है और एक विनाशकारी पर्यावरणीय आपदा की धमकी दी है। जैसे-जैसे उसका मिशन आगे बढ़ता है, Raiden को पता चलता है कि यह संकट एक बहुत बड़ी साज़िश का केवल छोटा सा हिस्सा है, जिसमें गुप्त संगठन, राजनीतिक षड्यंत्र और उन्नत Metal Gear तकनीक शामिल हैं। परिचित सहयोगियों के मार्गदर्शन के बावजूद वह हर ओर छल और धोखे से घिरा रहता है और सच तथा योजनाबद्ध झूठ के बीच अंतर करने के लिए संघर्ष करता है। इस दौरान महान सैनिक Solid Snake और रहस्यमय Patriots से जुड़े रहस्य सामने आते हैं, जो स्वतंत्रता, पहचान और सूचना की प्रकृति पर सवाल उठाते हैं। शानदार स्टेल्थ एक्शन और गहरे दार्शनिक विषयों के साथ यह कहानी कई अप्रत्याशित मोड़ों और डिजिटल युग में शक्ति की प्रभावशाली पड़ताल प्रस्तुत करती है।