В Batman: Arkham City самых опасных преступников Gotham содержат в огромной изолированной зоне под названием Arkham City — хаотичной тюрьме, которой управляет загадочный Hugo Strange. Когда Bruce Wayne оказывается внутри, ему вновь приходится стать Batman, чтобы раскрыть зловещий заговор, угрожающий всему городу. Исследуя разрушенные улицы, заброшенные здания и сталкиваясь с бандами под руководством таких известных злодеев, как Joker, Penguin и Two-Face, Batman проходит через одни из самых тяжёлых испытаний в своей жизни. Сюжет сочетает напряжённый экшен, детективное расследование и эмоциональные моменты, в которых появляются как старые союзники, так и враги. Пока время неумолимо уходит, а тайны скрываются за каждым углом, Batman должен противостоять могущественным противникам и собственным ограничениям, чтобы спасти Gotham от надвигающейся катастрофы.