Batman: Arkham City में, Gotham के सबसे खतरनाक अपराधियों को Arkham City नामक एक विशाल घिरे हुए क्षेत्र में कैद किया गया है, जिसे रहस्यमय Hugo Strange नियंत्रित करता है। जब Bruce Wayne को भी वहाँ भेज दिया जाता है, तो उसे एक बार फिर Batman बनकर पूरे शहर को खतरे में डालने वाली साजिश का पर्दाफाश करना पड़ता है। टूटती हुई सड़कों, परित्यक्त इमारतों और Joker, Penguin तथा Two-Face जैसे कुख्यात खलनायकों द्वारा संचालित गिरोहों के बीच संघर्ष करते हुए, Batman अपने जीवन की सबसे कठिन चुनौतियों का सामना करता है। कहानी में रोमांचक एक्शन, जासूसी और भावनात्मक क्षणों का शानदार मिश्रण है, जहाँ पुराने मित्र और शत्रु उसके रास्ते में आते हैं। समय तेजी से निकल रहा है और हर मोड़ पर रहस्य छिपे हैं, इसलिए Gotham को विनाश से बचाने के लिए Batman को शक्तिशाली दुश्मनों और अपनी सीमाओं दोनों का सामना करना होगा।