The Legend of Zelda: Skyward Sword HD рассказывает историю происхождения легендарной связи между Link, Zelda и Master Sword. События разворачиваются в парящем над облаками мире Skyloft, где Link отправляется в эпическое путешествие после загадочного исчезновения Zelda под поверхностью мира. Под руководством духа Fi он исследует древние земли, решает сложные головоломки и сражается с могущественными врагами, чтобы спасти свою подругу детства и раскрыть забытую судьбу. По мере своего путешествия Link узнаёт о древнем зле, угрожающем миру, и осознаёт свою роль избранного героя, которому суждено его остановить. Это приключение раскрывает истоки многих традиций серии Zelda и предлагает трогательную историю о мужестве, дружбе и самопожертвовании.