The Legend of Zelda: Skyward Sword HD raconte les origines du lien légendaire qui unit Link, Zelda et la Master Sword. Se déroulant dans le monde flottant de Skyloft, au-dessus des nuages, l'aventure commence lorsque Zelda disparaît mystérieusement sous la surface du monde. Guidé par l'esprit Fi, Link traverse des terres ancestrales, résout des énigmes complexes et affronte de puissants ennemis afin de sauver son amie d'enfance et de découvrir un destin oublié. Au cours de son voyage, il apprend qu'un mal ancien menace le monde et qu'il est le héros choisi pour l'arrêter. Cette aventure révèle les origines de nombreuses traditions emblématiques de la série Zelda et offre une histoire touchante sur le courage, l'amitié et le sacrifice.