The Legend of Zelda: Skyward Sword HD Link, Zelda और Master Sword के बीच के पौराणिक संबंध की उत्पत्ति की कहानी बताता है। बादलों के ऊपर स्थित तैरते हुए संसार Skyloft में, Zelda के रहस्यमय तरीके से गायब होने के बाद Link एक महान यात्रा पर निकलता है। Fi के मार्गदर्शन में, वह प्राचीन भूमियों की यात्रा करता है, कठिन पहेलियाँ सुलझाता है और शक्तिशाली शत्रुओं का सामना करते हुए अपनी बचपन की मित्र को बचाने और एक भूली हुई नियति का रहस्य जानने का प्रयास करता है। अपनी यात्रा के दौरान, Link एक प्राचीन बुराई के बारे में जानता है जो दुनिया को खतरे में डाल रही है, और वह समझता है कि उसे चुने हुए नायक के रूप में उसे रोकना होगा। यह रोमांच Zelda श्रृंखला की कई परंपराओं की शुरुआत को उजागर करता है और साहस, मित्रता तथा बलिदान की एक भावनात्मक कहानी प्रस्तुत करता है।