WWE SmackDown! Here Comes the Pain apresenta o mundo intenso da WWE no auge da era Ruthless Aggression, onde rivalidades, campeonatos e rancores pessoais entram em choque dentro e fora do ringue. Os jogadores assumem o papel de Superstars lendários da WWE e de novos desafiantes, enfrentando uma carreira repleta de combates difíceis e rivalidades acirradas. O Season Mode, guiado pela história, acompanha a jornada de uma Superstar em busca dos títulos de campeão, enquanto cria alianças, conquista inimigos e enfrenta acontecimentos inesperados. Rivalidades com grandes estrelas como The Rock, Stone Cold Steve Austin, Triple H, Kurt Angle e Brock Lesnar moldam o caminho rumo à glória na WWE. Cada vitória pode aumentar a popularidade da Superstar, enquanto cada derrota pode ameaçar sua posição dentro da empresa. Desde confrontos brutais nos bastidores até os espetaculares eventos principais dos pay-per-view, a ação fica cada vez mais intensa. No fim, é preciso sobreviver ao caos, derrotar os adversários mais perigosos e se tornar uma das Superstars mais dominantes da WWE.