Prince of Persia: The Sands of Timeでは、若きPrinceは古代の秘宝Hourglassを開くように騙され、意図せず神秘的なSands of Timeを解き放ってしまいます。その災厄によって王国中の人々は恐ろしい怪物へと変貌し、無事だったのはPrinceと勇敢な王女Farahだけでした。深い後悔を抱えたPrinceは、危険な罠や魔法の敵、忘れ去られた秘密が眠る壮麗な宮殿を巡る旅に出ます。伝説のDagger of Timeを手にした彼は、時間を巻き戻し、遅らせ、自在に操る力を得て、戦いや探索で大きな力を発揮します。旅を続ける中で、PrinceとFarahの絆は信頼と犠牲、そして強い意志によって次第に深まっていきます。やがて二人の旅は運命に立ち向かう戦いとなり、勇気と知恵、そして過去を変える力が王国の未来を左右することになります。