दूर भविष्य के अंधकारमय युग में स्थापित Warhammer 40,000: Dawn of War II: Retribution एक क्रूर, बहु-दृष्टिकोण युद्ध को दर्शाता है, जहाँ कई गुट जीवित रहने, बदला लेने या प्रभुत्व के लिए Sub-Sector Aurelia में लड़ते हैं। प्रत्येक अभियान कहानी का अलग पक्ष दिखाता है—अनुशासित Space Marines जो भ्रष्टाचार को मिटाना चाहते हैं, निर्दयी Orks जो युद्ध के लिए लालायित हैं, और Chaos की विनाशकारी शक्तियाँ। जैसे-जैसे गठबंधन टूटते हैं और संघर्ष बढ़ता है, कहानी निष्ठा, विश्वासघात और निरंतर युद्ध के विषयों को बुनती है। पूरी दुनियाओं का भाग्य दांव पर लगा है, जो खिलाड़ी के निर्णयों और युद्ध की निर्दयी लहर से तय होता है। अंततः, यह कहानी Warhammer 40,000 की उस सच्चाई को दर्शाती है—जहाँ केवल युद्ध है, और हर जीत की भारी कीमत चुकानी पड़ती है।