41वीं सहस्राब्दी के अंधकारमय और युद्धग्रस्त भविष्य में, Warhammer 40,000: Chaos Gate - Daemonhunters की कहानी मानवता के सबसे गुप्त और शक्तिशाली दानव-शिकारी योद्धाओं Grey Knights का अनुसरण करती है, जो the Bloom नामक एक घातक महामारी के विरुद्ध संघर्ष कर रहे हैं। यह रहस्यमय भ्रष्टता तारकीय प्रणालियों में फैलती हुई दुनियाओं को विकृत कर देती है और Chaos की शक्तियों को Nurgle के प्रभाव में और अधिक बल प्रदान करती है। Baleful Edict नामक युद्धपोत पर सवार होकर, खिलाड़ी एक विशिष्ट स्ट्राइक फोर्स का नेतृत्व करते हैं, साहसी मिशनों को अंजाम देते हैं और एक भयावह षड्यंत्र का पर्दाफाश करते हुए दानवों तथा भ्रष्ट शत्रुओं की भीड़ का सामना करते हैं। जैसे-जैसे खतरा बढ़ता है, Grey Knights को कठिन रणनीतिक निर्णय लेने, अपने योद्धाओं को सशक्त बनाने और शक्तिशाली Chaos चैंपियनों का सामना करने की आवश्यकता होती है ताकि the Bloom को Imperium को निगलने से रोका जा सके।