L'histoire de Devil May Cry 4: Special Edition suit Nero, un jeune chevalier de l'Order of the Sword qui possède un mystérieux bras démoniaque appelé Devil Bringer. Lors d'une cérémonie sacrée, le légendaire chasseur de démons Dante attaque soudainement l'ordre et assassine son dirigeant, poussant Nero à le poursuivre afin de découvrir la vérité derrière ses actions. Au fil de son aventure, Nero met au jour un dangereux complot impliquant l'exploitation des pouvoirs démoniaques et les ambitions secrètes de l'ordre. L'histoire change ensuite de perspective et permet aux joueurs de vivre les événements à travers Dante et d'autres personnages jouables, chacun possédant ses propres capacités et motivations. De puissants ennemis et d'anciens démons menacent l'équilibre entre le monde humain et le monde démoniaque. Les thèmes du destin, de la famille et du conflit entre l'humanité et l'héritage démoniaque occupent une place centrale dans le récit. Cette Special Edition enrichit l'expérience originale grâce à de nouveaux personnages jouables et à des détails supplémentaires sur Fortuna et ses habitants.