Сюжет Silent Hill: Homecoming рассказывает об Alex Shepherd, молодом человеке, который возвращается в родной город Shepherd's Glen после мучительных кошмаров о своём младшем брате Joshua. Однако вместо тёплого возвращения он обнаруживает заброшенный город, окутанный туманом, мать в состоянии глубокого потрясения и загадочное исчезновение отца и брата. В поисках ответов Alex оказывается втянутым в кошмарный мир, связанный с Silent Hill, где ужасающие существа и искажённые видения отражают чувство вины и давно скрытые тайны. Чем дальше он продвигается, тем больше узнаёт о страшной правде, связанной с древним договором, семьями-основателями города и собственным забытым прошлым. Пытаясь отличить реальность от иллюзий, он должен столкнуться с болезненными воспоминаниями и принять ответственность за трагедию, изменившую судьбы многих людей. Сочетая психологический хоррор и эмоциональную драму, история исследует темы вины, жертвенности и искупления, предлагая одно из самых мрачных и личных путешествий во всей серии Silent Hill.