L'histoire de Silent Hill: Homecoming suit Alex Shepherd, un jeune homme qui retourne dans sa ville natale de Shepherd's Glen après avoir été hanté par des cauchemars inquiétants concernant son jeune frère, Joshua. Au lieu de retrouver un foyer accueillant, il découvre une ville abandonnée plongée dans le brouillard, une mère plongée dans un état de choc et la mystérieuse disparition de son père et de son frère. En cherchant des réponses, Alex est entraîné dans l'univers cauchemardesque lié à Silent Hill, où des créatures terrifiantes et des visions déformées reflètent une profonde culpabilité et des secrets enfouis depuis longtemps. Plus il avance, plus il découvre une vérité effroyable impliquant un ancien pacte, les familles fondatrices de la ville et son propre passé oublié. Luttant pour distinguer la réalité de l'illusion, il doit affronter des souvenirs douloureux et accepter sa responsabilité dans une tragédie qui a bouleversé de nombreuses vies. Mêlant horreur psychologique et drame émotionnel, l'histoire explore les thèmes de la culpabilité, du sacrifice et de la rédemption, offrant l'un des récits les plus sombres et les plus personnels de la série Silent Hill.