Warhammer 40,000: Darktide की कहानी 41वीं सहस्राब्दी के अंधकारमय युग में घटित होती है, जहाँ दोषी कैदियों के एक समूह को Inquisition द्वारा बलिदान योग्य एजेंटों के रूप में भर्ती किया जाता है। उन्हें ग्रह Atoma Prime के विशाल हाइव सिटी Tertium में भेजा जाता है, जहाँ उन्हें भ्रष्ट पंथवादियों और अराजकता के देवता Nurgle के विकृत अनुयायियों से लड़ना होता है, जिनकी महामारी पूरी दुनिया को निगलने की धमकी देती है। जैसे-जैसे ये अस्वीकृत योद्धा कठिन मिशनों के माध्यम से अपनी योग्यता साबित करते हैं, वे शहर के भीतर छिपी एक गहरी साजिश का पर्दाफाश करते हैं। विश्वासघात, भयावह दुश्मनों और असंभव परिस्थितियों के बीच उन्हें जीवित रहने के लिए केवल अपनी टीमवर्क, कौशल और दृढ़ संकल्प पर भरोसा करना पड़ता है। ऐसे ब्रह्मांड में जहाँ आशा बहुत कम है, हर मिशन मानवता के बचे हुए अस्तित्व की रक्षा के लिए एक निराशाजनक संघर्ष बन जाता है।