Cossacks II: Napoleonic Wars की कहानी उन्नीसवीं शताब्दी की शुरुआत में हुए उथल-पुथल भरे Napoleonic Wars के दौर में आधारित है। इसमें खिलाड़ी शक्तिशाली यूरोपीय सेनाओं का नेतृत्व करते हैं और वास्तविक ऐतिहासिक अभियानों से प्रेरित विशाल युद्धभूमियों पर प्रभुत्व के लिए संघर्ष करते हैं। फ्रांस, ब्रिटेन, ऑस्ट्रिया, प्रशिया और रूस जैसे देशों की कमान संभालते हुए खिलाड़ियों को संसाधनों का प्रबंधन करना, हजारों सैनिकों का नेतृत्व करना और वास्तविक सैन्य रणनीतियों तथा युद्ध संरचनाओं का उपयोग करके दुश्मनों को परास्त करना होता है। किसी एक काल्पनिक कहानी के बजाय, यह खेल उन राजनीतिक संघर्षों और प्रसिद्ध लड़ाइयों को दोबारा जीवंत करता है जिन्होंने Napoleon के उदय और पतन के दौरान यूरोप का इतिहास बदल दिया। बड़े पैमाने के युद्ध, रणनीतिक योजना और ऐतिहासिक प्रामाणिकता पर इसका विशेष ध्यान इसे सैन्य इतिहास और क्लासिक रणनीति खेलों के प्रशंसकों के लिए एक यादगार अनुभव बनाता है।