GUILTY GEAR 2 -OVERTURE- की कहानी मूल Guilty Gear खेलों की घटनाओं के बाद घटित होती है, जहाँ महान योद्धा Sol Badguy एक नए संघर्ष में शामिल होता है जो इंसानों और Gears के बीच बनी नाज़ुक शांति को खतरे में डाल देता है। रहस्यमयी Valentine जब Servants नामक शक्तिशाली प्राणियों के साथ आक्रमण करती है, तो Sol पुराने और नए साथियों के साथ मिलकर उसके असली उद्देश्य का पता लगाने निकलता है। इसी बीच, Ky Kiske और Dizzy का युवा पुत्र Sin Kiske अपनी स्वयं की यात्रा शुरू करता है और इस युद्ध का एक महत्वपूर्ण पात्र बन जाता है। प्राचीन षड्यंत्रों, शक्तिशाली जादू और उन्नत तकनीक के टकराव के बीच नायकों को भयंकर शत्रुओं और कठिन निर्णयों का सामना करना पड़ता है। उनका संघर्ष दुनिया और उसके सबसे बड़े खतरों की उत्पत्ति से जुड़े लंबे समय से छिपे रहस्यों को उजागर करता है, जो Guilty Gear गाथा के अगले अध्याय की नींव रखता है।