Se déroulant entre Prince of Persia: The Sands of Time et Prince of Persia: Warrior Within, Prince of Persia: The Forgotten Sands suit Prince lorsqu'il rend visite au royaume de son frère Malik, qu'il découvre assiégé par une immense armée d'envahisseurs. Dans un ultime effort pour sauver la cité, Malik libère la légendaire armée de Solomon, réveillant involontairement une ancienne force maléfique emprisonnée depuis des siècles. Pour rétablir l'équilibre, Prince maîtrise de nouveaux pouvoirs élémentaires accordés par Razia, tout en affrontant des créatures surnaturelles et en révélant des secrets oubliés. À mesure que le conflit s'intensifie, il doit faire face à des choix difficiles liés au pouvoir, à la responsabilité et au sacrifice. Au fil de son aventure, Prince devient un dirigeant plus sage, comprenant que la véritable force réside autant dans la sagesse, le courage et l'acceptation des conséquences que dans la magie et le combat.