L'histoire de Metal Gear Solid V: The Phantom Pain se déroule en 1984 et suit le légendaire mercenaire Venom Snake, qui se réveille après neuf années de coma à la suite d'une attaque dévastatrice ayant anéanti son ancienne armée. Animé par un désir de vengeance contre la mystérieuse organisation XOF et son impitoyable chef Skull Face, Snake reconstruit sa force militaire privée, les Diamond Dogs, tout en découvrant un complot menaçant la stabilité du monde. Au fil de missions secrètes en Afghanistan et en Afrique centrale, il rencontre de puissants alliés, de redoutables ennemis et des vérités troublantes qui remettent en question son identité. L'histoire explore le coût émotionnel de la guerre, de la perte, de la vengeance et de la loyauté, mêlant intrigue politique et drame psychologique. À mesure que les secrets émergent, Snake doit affronter les conséquences de son passé et les sacrifices nécessaires pour façonner l'avenir, menant à l'une des conclusions les plus marquantes de la série Metal Gear.