Действие The Godfather разворачивается в неспокойном Нью-Йорке 1940-х и 1950-х годов, где игрок следует пути Aldo Trapani, верного соратника могущественной преступной семьи Corleone. Став свидетелем убийства своего отца в детстве, Aldo вырастает искусным исполнителем под руководством Don Vito Corleone, выполняя опасные задания ради укрепления влияния семьи. Поднимаясь по криминальной иерархии, он оказывается втянутым в жестокие войны между бандами, политическую коррупцию и предательства, угрожающие будущему семьи. По ходу сюжета игрок встречает культовых персонажей фильма, включая Michael Corleone, Sonny Corleone и Tom Hagen, одновременно переживая оригинальную историю, разворачивающуюся параллельно событиям фильма. Сохраняя верность, проявляя амбиции и уважение, Aldo должен доказать, что достоин стать одним из самых доверенных caporegimes семьи Corleone.