Сюжет Assassin's Creed Unity разворачивается во времена хаоса Французской революции, где игрок управляет Арно Дорианом — молодым человеком, стремящимся к искуплению после трагической утраты. Когда Париж погружается в политические беспорядки, Арно вступает в Братство ассасинов, чтобы раскрыть правду об убийстве своего приёмного отца. Его путь проходит через знаковые места и переполненные улицы, где падает знать и поднимаются революционеры. По ходу истории он выстраивает сложные отношения с Элизой — тамплиером, с которой его связывает общее прошлое, балансируя между любовью и верностью. Сюжет раскрывает темы справедливости, мести и цены свободы. Игрок переживает важные исторические события, сталкиваясь с заговорами, влияющими на ассасинов и тамплиеров. Арно развивается и сталкивается со своим прошлым, чтобы определить своё будущее. В итоге игра рассказывает историю личного искупления на фоне жестокой революции.