Ambientado no futuro próximo de 2013, Tom Clancy's Ghost Recon Advanced Warfighter lança os jogadores em uma crise geopolítica de alto risco na Cidade do México. Durante uma cúpula histórica destinada a assinar um tratado crucial de segurança na América do Norte, uma facção rebelde radical lança um violento golpe de Estado, assassinando o presidente mexicano e sequestrando o presidente dos EUA. Como Captain Scott Mitchell, líder da unidade de elite das Forças Especiais do Exército dos EUA, tecnologicamente superior e conhecida como "the Ghosts", você é enviado para a metrópole caótica e devastada pela guerra para restaurar a ordem. Equipados com o moderno Integrated Warfighter System, Mitchell e seu esquadrão devem navegar por terrenos urbanos hostis, neutralizar a ameaça insurgente e resgatar os líderes mundiais. É uma narrativa militar emocionante e acelerada, onde o destino da estabilidade da América do Norte depende inteiramente da precisão e da supremacia tática de um único esquadrão de elite.