陰鬱な41千年紀の闇の中で、プレイヤーは Imperium に仕える最も強力なエージェントの一人である Inquisitor となり、Caligari Sector に広がる異端と腐敗を一掃する任務に就きます。巨大な要塞修道院 Martyr を謎の宇宙規模の災厄が襲ったとき、その秘められた秘密は人類に想像を絶する恐怖を解き放とうとします。悲劇の真相を追う中で、Chaos の狂信者や悪魔、そして数々の危険な敵と戦いながら、一つの惑星を超えて広がる陰謀の存在を暴いていきます。義務と信念に導かれ、あらゆる選択が過酷で容赦のない銀河におけるあなたの運命を形作ります。終わりなき戦争と闇の中で、Martyr の呪われた遺産に隠された真実を解き明かすことが、星系全体の未来を左右することになるのです。