मूल गेम की घटनाओं के आठ वर्ष बाद, BioShock 2 Remastered की कहानी Subject Delta का अनुसरण करती है, जो पहला सफल Big Daddy है और जर्जर हो चुकी पानी के नीचे बसी नगरी Rapture में जागता है। अपनी Little Sister, Eleanor Lamb, के साथ अटूट संबंध से प्रेरित होकर, Delta उस शहर से होकर गुजरता है जहाँ Dr. Sofia Lamb के सामूहिक विचार Eleanor के भविष्य और Rapture के अस्तित्व दोनों के लिए खतरा बन चुके हैं। अपनी यात्रा के दौरान वह निराश बचे हुए लोगों, खतरनाक Splicers, और शक्तिशाली Big Sisters का सामना करता है, जबकि शहर के पतन के पीछे छिपे रहस्यों को उजागर करता है। खिलाड़ी के हर निर्णय—चाहे वह दया दिखाए या बदला ले—Eleanor के व्यक्तित्व और उसके आसपास के लोगों के भाग्य को प्रभावित करता है। भावनात्मक कहानी, रोमांचक युद्ध और गहन अन्वेषण के साथ यह खेल BioShock श्रृंखला के नैतिक विषयों और रहस्यमय वातावरण को और भी विस्तार देता है।

BioShock Remastered की कहानी रहस्यमयी समुद्र-तल शहर Rapture में घटित होती है, जहाँ खिलाड़ी Jack की भूमिका निभाता है, जो अटलांटिक महासागर में विमान दुर्घटना का एकमात्र जीवित बचा व्यक्ति है। शरण की तलाश में वह Andrew Ryan द्वारा स्थापित एक कभी आदर्श मानी जाने वाली नगरी तक पहुँचता है, जो अनियंत्रित महत्वाकांक्षा और आनुवंशिक प्रयोगों के कारण विनाश में बदल चुकी है। शक्तिशाली हथियारों और अद्भुत क्षमताएँ देने वाले Plasmids की मदद से Jack शहर के खतरनाक निवासियों का सामना करता है और Rapture के पतन का सच खोजने निकलता है। अपनी यात्रा के दौरान वह रहस्यमयी Little Sisters और उनके भयावह संरक्षकों Big Daddies से मिलता है, जहाँ उसके नैतिक निर्णय दूसरों के भाग्य को प्रभावित करते हैं। जैसे-जैसे चौंकाने वाले रहस्य सामने आते हैं, Jack समझता है कि Rapture में कुछ भी वैसा नहीं है जैसा दिखाई देता है, और कहानी वीडियो गेम इतिहास के सबसे यादगार तथा विचारोत्तेजक अंतों में से एक तक पहुँचती है।

साल 1912 में आसमान में तैरते शहर Columbia में आधारित BioShock Infinite की कहानी पूर्व Pinkerton एजेंट Booker DeWitt का अनुसरण करती है, जिसे रहस्यमय परिस्थितियों में Elizabeth नाम की एक युवती को बचाने का काम सौंपा जाता है। अलग-अलग वास्तविकताओं के बीच दरारें खोलने की अद्भुत शक्ति रखने वाली Elizabeth राजनीतिक कट्टरता, व्यक्तिगत अपराधबोध और वैकल्पिक समय-रेखाओं से जुड़े रहस्यों की कुंजी बन जाती है। जैसे-जैसे Booker Columbia के संघर्षरत गुटों का सामना करता है और शहर के अंधेरे रहस्यों को उजागर करता है, उसे एहसास होता है कि उसका अपना अतीत भी इस शहर की नियति से गहराई से जुड़ा हुआ है। एक साधारण बचाव मिशन धीरे-धीरे भाग्य, बलिदान और चुनावों के परिणामों की गहन यात्रा में बदल जाता है। चौंकाने वाले खुलासों और भावनात्मक मोड़ों से भरपूर यह कहानी वीडियो गेम इतिहास के सबसे यादगार और विचारोत्तेजक अंतों में से एक तक पहुँचती है।

मूल BioShock की घटनाओं के आठ वर्ष बाद, BioShock 2 की कहानी Subject Delta का अनुसरण करती है, जो पहले Big Daddies में से एक है और वर्षों की निष्क्रियता के बाद पानी के नीचे बसे जर्जर शहर Rapture में जागता है। Eleanor, जो एक Little Sister है, के साथ रहस्यमय संबंध से प्रेरित होकर वह उसे बचाने के लिए शहर के टूटे-फूटे इलाकों की खतरनाक यात्रा पर निकलता है। इस सफर में उसका सामना कट्टरपंथी पंथों, शत्रुतापूर्ण Splicers, शक्तिशाली Big Sisters, और चालाक Sofia Lamb से होता है, जिसकी Rapture के लिए बनाई गई योजना Eleanor के भविष्य को खतरे में डालती है। जैसे-जैसे Delta शहर के दुखद पतन के रहस्यों को उजागर करता है, उसके हर निर्णय का प्रभाव आसपास के लोगों पर पड़ता है और अंततः Eleanor के विश्वासों को आकार देता है। यह कहानी त्याग, स्वतंत्र इच्छा, परिवार और मुक्ति जैसे विषयों की पड़ताल करती है, और खिलाड़ी की पसंद के आधार पर कई अलग-अलग अंत प्रस्तुत करती है।

BioShock की कहानी अटलांटिक महासागर की गहराइयों में बसे रहस्यमय जलमग्न शहर Rapture से शुरू होती है, जहाँ विमान दुर्घटना का एकमात्र जीवित बचे Jack की किस्मत उसे इस भूली-बिसरी यूटोपिया तक ले आती है। दूरदर्शी Andrew Ryan ने इसे सरकारों और नैतिक बंधनों से मुक्त समाज के रूप में बनाया था, लेकिन शक्तिशाली आनुवंशिक पदार्थ ADAM के दुरुपयोग ने इसे विनाश और अराजकता में बदल दिया। शहर की भयावह गलियों में Jack का सामना खतरनाक Splicers, विशाल Big Daddies और रहस्यमयी Little Sisters से होता है, जबकि उसके हर नैतिक निर्णय का असर उसकी यात्रा पर पड़ता है। धीरे-धीरे वह अपनी ही पहचान और Rapture के पतन से जुड़े चौंकाने वाले रहस्यों का पता लगाता है। मनोवैज्ञानिक रहस्य, दार्शनिक विचारों और रोमांचक एक्शन का शानदार मिश्रण, BioShock को वीडियो गेम इतिहास की सबसे यादगार कहानियों में से एक बनाता है।