Assassin's Creed Black Flag Resynced की कहानी महान समुद्री डाकू Edward Kenway के इर्द-गिर्द घूमती है, जो कैरेबियन में समुद्री डाकुओं के स्वर्ण युग के दौरान असैसिन्स और टेम्पलर्स के सदियों पुराने संघर्ष में उलझ जाता है। धन, प्रसिद्धि और आज़ादी की तलाश में खुले समुद्रों की यात्रा करते हुए वह कुख्यात समुद्री डाकुओं, शक्तिशाली नौसैनिक साम्राज्यों और द्वीपों में छिपे प्राचीन First Civilization के रहस्यों का सामना करता है। लेकिन दौलत पाने की उसकी लापरवाह चाह विनाशकारी परिणाम लाती है और उसे अपने निर्णयों की वास्तविक कीमत, सम्मान, निष्ठा और बलिदान का अर्थ समझने पर मजबूर करती है। रोमांचक नौसैनिक युद्धों, साहसी हत्याओं और खतरनाक अभियानों के दौरान Edward Kenway धीरे-धीरे एक स्वार्थी साहसी से बदलकर Assassin Brotherhood के आदर्शों को अपनाने वाला व्यक्ति बन जाता है। Assassin's Creed Black Flag Resynced इस प्रतिष्ठित यात्रा को बेहतर प्रस्तुति के साथ दोबारा प्रस्तुत करता है, जबकि समुद्री डकैती, प्रायश्चित और स्वतंत्रता के लिए चलने वाले संघर्ष की मूल महाकाव्य कहानी को सुरक्षित रखता है।