Assassin's Creed Mirage की कहानी बासिम इब्न इशाक के बारे में है, जो 9वीं सदी के बगदाद में रहने वाला एक चतुर चोर है। वह अजीब सपनों और अपने अतीत से परेशान रहता है और जीवन का उद्देश्य खोजता है। एक खतरनाक घटना के बाद वह छिपे हुए हत्यारों के समूह से जुड़ता है। वहाँ वह प्रशिक्षण लेकर एक कुशल हत्यारा बनता है। अपनी यात्रा में वह एक बड़ी साजिश का पता लगाता है। उसे अपने बारे में गहरी सच्चाइयाँ भी पता चलती हैं। यह कहानी न्याय, पहचान और भाग्य के बारे में है। अंत में, उसे अपने रहस्यमय दृष्टांतों का सामना करना पड़ता है।