The Elder Scrolls III: Morrowind की कहानी एक रहस्यमय कैदी की यात्रा का अनुसरण करती है, जिसे ज्वालामुखीय द्वीप Vvardenfell पर रिहा किया जाता है। यह भूमि प्राचीन खंडहरों, विशाल मशरूमों और राजनीतिक षड्यंत्रों से भरी हुई है। जल्द ही वह महान Nerevarine से जुड़ी एक भविष्यवाणी का हिस्सा बन जाता है, जहाँ उसे शक्तिशाली गुटों का विश्वास जीतना, महान घरानों की प्रतिद्वंद्विता के बीच रास्ता बनाना और फैलती हुई एक अलौकिक महामारी का रहस्य उजागर करना होता है। जैसे-जैसे भूले-बिसरे देवता, अमर प्राणी और प्राचीन रहस्य सामने आते हैं, उसके हर निर्णय से पूरे प्रांत का भविष्य प्रभावित होता है। साधारण शुरुआत से आगे बढ़ते हुए यह यात्रा अंततः शक्तिशाली Dagoth Ur के विरुद्ध एक महाकाव्य संघर्ष में बदल जाती है, जिसकी बढ़ती शक्ति पूरे Morrowind के लिए खतरा बन जाती है। अपनी समृद्ध कथा, नैतिक जटिलताओं और अद्वितीय स्वतंत्रता के कारण यह खेल The Elder Scrolls श्रृंखला की सबसे यादगार कहानियों में से एक है।