Guilty Gear XX Accent Core Plus R poursuit une saga dramatique dans un monde où la magie a remplacé la technologie moderne, tandis que l'humanité tente de se relever des guerres dévastatrices contre les Gears. Alors que les tensions entre les nations s'intensifient et que des forces mystérieuses manipulent les événements dans l'ombre, le légendaire chasseur de primes Sol Badguy et son rival Ky Kiske se retrouvent au cœur d'un nouveau conflit menaçant une paix fragile. Aux côtés d'une galerie de combattants aux ambitions et aux secrets uniques, leurs destins s'entremêlent dans une histoire de trahison, de rédemption et de destinée. Grâce à des combats rapides et à de multiples embranchements scénaristiques, le jeu mêle une action inspirée des anime à un récit riche, révélant les vérités cachées sur les Gears et le destin du monde.